О вреде невежества в биологической науке

[scholar_vit]

ivanov_petrovу, с неизменным восхищением

Целый день писал и устал. Для поднятия тонуса хорошо пройтись ювеналовым бичом по невеждам и тупицам. Тем более, что, не знаю, как у вас, любезный читатель, а у меня всегда объект под рукой. Я разумею самого себя, естественно. Чьё же невежество и тупость мне клеймить, как не своё?

У нас недавно приняли статейку в биологический журнал. Это одна из самых многострадальных моих статей - и всё из-за моего невежества. Речь в ней шла о классе заболеваний, при которых мутации на определенном участке ДНК становятся чудовищно быстрыми: сотни и даже тысячи мутаций при жизни больного! Мы построили модель таких мутаций. Я настоял на том, чтобы её послали не в медицинский, а в общебиологический журнал: мне казалось (и кажется), что она представляет интерес и за пределами собственно медицины. Соавтор (медик) в итоге согласился.

Статью вернули с разгромной рецензией. То есть нет, не совсем разгромной: рецензент всё-таки отметил новизну подхода. А затем сказал, что (а) быстрые мутации в этом месте ведут себя совсем не так, и (б) существует обширная литература об этих мутациях, авторам, очевидно, совсем неизвестная. То есть мы написали оригинальную чепуху.

Оказалось вот что. В этом месте даже в отсутствие патологии мутации идут существенно быстрее, чем обычно. Что очень интересно для "эволюционных часов" с хорошим разрешением. Поэтому действительно есть куча биологов, изучавших эти мутации, которые тоже окрестили "быстрыми". И модели есть, - совсем другие, чем, наши, поскольку эти "быстрые" мутации порядков этак на шесть медленнее, чем те, которые изучают медики. Причём биологи о медиках и медики о биологах практически ничего не знают: списки литературы в соответствующих статьях почти не пересекаются (я нашёл одно пересечение - у биолога, который цитировал медиков, обосновывая важность проблемы во введении, но явно делал это, не читая сами работы). Терминология была близка, но не настолько, чтобы при поиске по ключевым словам "чужие" статьи легко находились, а мой любимый поиск по цитированию, понятно, ничего не давал.

То есть ситуация, на мой взгляд, вполне в духе ivanov_petrovа: есть два сообщества, изучавших одно и то же место в ДНК, выработавших свои подходы - и ни сном, ни духом не подозревавших о существовании друг друга. Ясно, что биологов и медиков тут винить сложно: они специалисты, глубоко копают своё поле. Но я-то, дилетант-физик, пришедший модели строить - я был обязан это раскопать. Но не раскопал. Тупица.

Я с благословения соавтора провел месяц, изучая чужое поле. Затем мы переделали статью, объяснив, чем наша ситуация отличается от известной рецензенту. И написали прочувствованное письмо в редакцию - дескать, ваше решение было вполне обосновано, и рецензент во всём прав (никогда не следует ругать рецензента!), но нам кажется, что если вы посмотрите на наши аргументы и переработанную статью... К моему удивлению, статью взяли. С кратчайшей рецензией: "В печать". Но сколько нервов на ожидание ушло...

А меня вот какая мысль мучает. Если там и в отсутствие патологии мутации быстрые - то что это означает для механизма мутаций и исправления ошибок? И если это понять - то не скажет ли это нам что-то очень важное? То есть в статейке (во втором варианте) мы все эти вопросы поставили, но хорошо бы на них ответить. Не получается пока.

Comments

[a_p]

Что немного раздражает в некоторых науках - это лёгкость, с которой нормальные слова (типа "быстрый") становятся в них узкоспециальными терминами. Спросите, например, генетика, что такое "мозаика" или, ещё лучше, "полиморфизм".

[scholar-vit.livejournal.com]

А затем спросите математика, что такое кольцо или идеал :)

[a_p]

Как, и идеал тоже?

[ivan-gandhi.livejournal.com]

Идеал многообразия идеала есть радикал этого идеала.

[scholar-vit.livejournal.com]

Хммм. Мне почему-то казалось, что Вы - математик, и правый идеал для Вас - это не часть программы СПС и "Яблоко", а подгруппа по сложению кольца, инвариантная относительно умножения справа на любой элемент кольца. Соответственно левый идеал не имеет никакого отношения к Зюганову и Лимонову, а аналогичная подгруппа, инвариантная относительно умножения слева. И совпадение правых и левых идеалов соответственно не чудо, а одно из следствий коммутативности умножения в данном кольце.

[ygam.livejournal.com]

Никто не вспомнил квадратный трехчлен...

Утверждение, важное в сельском хозяйстве

[saaska.livejournal.com]

Математическое утверждение, важное в сельском хозяйстве: В полях нет нетривиальных идеалов.

[lee-bey.livejournal.com]

При этом одни и те же слова используются несколько раз в абсолютно разных смыслах, почти никак друг с другом не связанных (а если связанных, то через о-очень косвенную аналогию).
"Алгебра" и "Алгебра множеств"
Идеал в кольцах и в частично-упорядоченных множествах...
Если что-то кому-то объясняешь, то все это надо уточнять --- и подробно, иначе на 5-й минуте будет затор в мозгах у слушателей.

Интересно, почему так? Нешто слов мало?...

[ygam.livejournal.com]

Связанный граф - это не математика, а революция!

[a_p]

Или - борьба короны с феодальной раздробленностью. История, в общем.

Но действительно, привычка смазывает то, что мы ничем не лучше генетиков.

[(Anonymous)]

...если математик называет жену (идеальной? - не помню), то он может на самом иметь в виду её замкнутость, полноту и ограниченность.

[(Anonymous)]

Не помню, то ли "совершенной". Кажется, совершенной

[ygam.livejournal.com]

компактной

[bapehbe.livejournal.com]

потому что математика это когда граф связный?

Гугль

[ygam.livejournal.com]

"связный граф" - 856
"связанный граф" - 117

Похоже, оба - математика, просто второй употребляется реже.

[nasse.livejournal.com]

А как насчет удаления ребра?
(в детстве подозревала, что из удаленного ребра делают графиню, которая развязывает графа. Хотя он и был деревом)

[a-konst.livejournal.com]

Ну, извините, все-таки "граф" - это в первую очередь от "писать" и "запись", а уж потом феодал.
Этот-то термин естественен. Вон выше о кольцах и идеалах помянули - вот то да...

[ivan-gandhi.livejournal.com]

Спроситт программиста, что такое функтор. Спросите Беллу Ахмадулину, хотят ли русские войны (да и самого Евтушенко нехило бы переспросить).

[kouzdra.livejournal.com]

Программисты пока еще не столь развратились великой функциональной идеей. К тому же - в ML функтор вовсе не тоже самое, что и в
Haskell.

Зато с упомнянутым scholar_vit полиморфизмом оттянулись по полной программе.

[hgr.livejournal.com]

очень интересно. спасибо.

[readership.livejournal.com]

ну, ссылаться на медиков плохой тон, в общем-то. а что тут удивительного? продвинутые из них печатаются в биологических журналах, и тогда это уже не медики :) А частота мутаций неравномерна по геному, и это общее место. Зависит от многих причин, начиная с активности участка, и кончая его структурой.

[scholar-vit.livejournal.com]

Что неравномерно - это понятно. Но вот почему при патологии совсем быстро становится, а без неё всё равно быстро, но не так - вот это хорошо бы понять.

[readership.livejournal.com]

есть самые общие механизмы неравномерности, и есть сайт-специфические механизмы, обуслвленные именно такой и только такой последовательностью. Это прежде всего нужно дифференцировать. А патология тем и отличается, и потому интересна, что позволяет лучше понять механизмы нормы. В принципе, при патологии совсем быстро становится ПО ОПРЕДЕЛЕНИЮ, на то она и патология :) Считайте, что вам повезло, если патология еще никем не исследована, то есть шанс разобраться с нормой.

[agasfer.livejournal.com]

А о какого типа мутациях речь? STRs?

[scholar-vit.livejournal.com]

Microsatellite expansions

[petrova-ma.livejournal.com]

экономисты и политологии, работающие в области политической экономики, ведут себя так же, только объект вообще, как правило, один и тот же. Ну, сейчас уже немного лучше (списки литературы начали пересекаться). Помню, меня очень поразила статья, напечатанная в очень приличном политологическом журнале на тему "об экономических моделях некоторого феномена", которые эти экономисты, оказывается, уже 20 лет сочиняют параллельно с нами, а мы и не знаем, давайте посмотрим, вдруг чего интересное есть.

[romka-on-lj.livejournal.com]

/* А меня вот какая мысль мучает. Если там и в отсутствие патологии мутации быстрые - то что это означает для механизма мутаций и исправления ошибок? И если это понять - то не скажет ли это нам что-то очень важное? То есть в статейке (во втором варианте) мы все эти вопросы поставили, но хорошо бы на них ответить. Не получается пока. */

Если рассматривать с оглядкой на основательно забытую (мягко говоря) узкими специалистами методологию науки, то означает это ничто иное, как то, что не в том поле копали обе категории узких специалистов, и что существует некий, пока не известный им фактор, имеющий приоритетное значение для закономерностей, по которым происходят кокретно эти описанные вещи.

(Кстати говоря, это неизбежная проблема дальнейшего усугубления диверсификации научных дисциплин. Увы.)

Ну, типа, как с гравитационным полем у «чёрных дыр»: глаз не видит, но влияние на результаты наблюдений по смежным и даже отстранённым проблематикам — несомненно. И наблюдатели очумело чешут репу, не зная, что же они деляют неверно. Я не физик, потому вижу это, наверное, примерно так же, как Вы увидели вышеописанное, то есть доверяясь очень поверхностным или популярным данным. :)

[xottabych.livejournal.com]

А меня вот какая мысль мучает. Если там и в отсутствие патологии мутации быстрые - то что это означает для механизма мутаций и исправления ошибок? И если это понять - то не скажет ли это нам что-то очень важное? То есть в статейке (во втором варианте) мы все эти вопросы поставили, но хорошо бы на них ответить. Не получается пока.

Пилите, Шура^H^H^H Ищите :-). Primer/template slippage - достаточно хорошо изученная молбиологами вещь. Могу даже пару ссылок для затравки кинуть.

[scholar-vit.livejournal.com]

Мы вроде с тобой обсуждали это, нет? Там вроде другой механизм люди предполагают. Но ссылки подкинь: может, они неправы.

[xottabych.livejournal.com]

Я, честно говоря, не помню, что именно из механизмов мы с тобой обсуждали :-). Ссылки мылом кину.

[beth4ever.livejournal.com]

Та же фигня. Я долго возилась с проблемой юридического лица как субъекта уголовной ответсвенности, и столько есть работ на эту тему. Но только в одной нашла упоминания о различных теориях юридического лица, одна из которых позволяет считать его субъектом, другая нет... Но рассматриваюся они в гражданском праве, поэтому криминалисты о них не знают/не хотят знать.

[ivanov-petrov.livejournal.com]

Спасибо за лестное поминание. Да, красивый случай. К нему привело Ваше решение сдать статью в "непривычный" журнал; наличие достаточно начитанного рецензента... И это в области очень модной, где публикации лежат в сети. Представьте, что происходит в тех областях, где публикации на разных языках, в сети не лежат, нет моды и потому исследования продолжают некую публикацию не на протяжении 3-5-7 лет, а идут публикация от публикации годах в 20-30... Помню, мой знакомый занимался одним вопросом - это было в науке, где по всей Земле меньше сотни исследователей, его класса их было вообще десяток. Высокий профессионал. Он сделал доклад - ну, его не поняли, критиковали, не по делу... Неважно. Мы с ним шли с доклада, он ругался на непонятливых и упомянул - вот. мол, не знают такой-то обычной вещи. Сказал о понятии гомологии, критериях... В разговоре выяснилось, что он никогда не слышал, что сделаны критерии аналогии. Это должно было бы входить в его профессиональные знания. но до сих пор ненадобно было, а в толстой немецкой книге, которую надо было бы прочитать, он разбирал только главы о гомологии. А в следующей там критерии аналогии приводились... Речь о Remane, Die Grundlagen des naturlichen Systems. На каждом шагу... Я потому и говорил с грустью об утраченной системе организации знания http://ivanov-petrov.livejournal.com/8951.html

ваше мнение особенно интересно в контескте

[demoronizator.livejournal.com]

вашего невладения Английским даже на уровне чтения литературы по специальности.

Re: ваше мнение особенно интересно в контескте

[ivanov-petrov.livejournal.com]

Рад, что Вам интересно

ну примерно как хоккейный вратарь

[demoronizator.livejournal.com]

совершенно неумеющий кататься на коньках и при этом пробившийся в основной состав высшей лиги не может не вызывать немеркнущего интереса.

[scholar-vit.livejournal.com]

Поскольку наука расширяется, понятно, что расстояния между когда-то соседними точками растут. Представьте себе надувающийся шарик.

Но, на мой взгляд, складывающаяся система научной информации оказывается очень мощной. То, что есть "в сети", т.е. в бесплатном доступе - это крохи. В подписных платных ресурсах типа Web Of Science - очень развитая система индексирования. Скажем, и я, и johnlaurel в Вашем журнале упоминали поиск по цитированию. Берется солидный обзор, на который "все ссылаются", и ищутся статьи, в библиографии которых есть этот обзор - в результате современное состояние науки оказывается на ладони. Я, не особо утруждая себя (у меня были и другие срочные дела) за месяц изучил картину в относительно новой для меня области; ещё лет десять-пятнадцать назад это заняло бы массу времени и сил. В классической немецкой системе это, возможно, было бы столь же просто - но тогда и работ было куда меньше.

Столкновения, подобные описанному у меня, встречаются часто. Возможно, это всё признаки новой структуры знания; нового понимания самого понятия "понимание". Когда знание не помещается ни в чьей голове (давным-давно Ландау хотел знать "всю физику", а Гильберт ещё раньше - "всю математику"; сейчас это немыслимо), но всё-таки существует как коллективное достояние. В инженерном деле это уже произошло: Сайрус Смит у Жюль Верна, знающий всю технологию своего времени, остался в 19 веке. Но мы тем не менее строим дома и машины, хотя нет человека, который разбирается во ВСЕХ деталях Боинга или ТУ.

[ivanov-petrov.livejournal.com]

Да, это возможный путь. Мою позицию можно еще править вот как: те немодные и не попадающие в сетевые индексы области знания, как очевидно, не сильно нужны. Со временем останутся только осетевленные науки. Что без всякого насилия произойдет само собой - через некоторое время. ежели ничего глобального не случится, то. что вне сети. будет восприниматься так же, как сейчас - "только на папирусе". и тогда все эти проблемы отпадут, останутся лишь более или менее совершенные поисковые машины. Так что все эти горести - только на переходном этапе к всеобщему осетевлению.

[scholar-vit.livejournal.com]

Боюсь, что Ваша посылка неверна. Institute of Scientific Information индексирует ВСЁ. Не "то, что кому-то нужно", а всё, напечатанное в научной периодике. Старых работ (старше двадцати лет) в индексе пока нет, но это именно пока: скажем, American Physical Society затеяло перевод в электронные архивы древних номеров PhysRev, начиная с самого первого тома (1893 год) (http://prola.aps.org/). ISI, я думаю, рано или поздно сделает это же. То есть за пределами электронных архивов и индексов останется только то, что было написано "в стол" и в публикации не попало. Но согласитесь, что это верно и для "немецкой системы": если нечто не опубликовано, то его и не найти.

Не надо судить о системе по ресурсам типа Гугла: Гугл, конечно, велик и могуч, но огромная, и, главное, систематическая информация есть именно в платном доступе.

Собственно, я из-за этих ресурсов и в университет пошёл работать по вечерам. Первые пару семестров мне не платили, да и теперь платят крохи. Но зато я мог пользоваться библиотекой и электронными изданиями.

[ivanov-petrov.livejournal.com]

Отлично. Похоже, переходный период остается позади.

[bars-of-cage.livejournal.com]

очень интересно! спасибо.